Schildpadden behoren tot de orde Testudines die onderdeel is van de klasse der reptielen. De huidige schildpadden zijn verdeeld over twee onderordes: de Cryptodira (halsbergers) en Pleurodira (halswenders). De onderorders der Cryprodira en Pleurodira omvatten meerdere hyperfamilies en elke hyperfamilie omvat weer meerdere families. Veel van deze families zijn uitgestorven. Een familie omvat vaak meerdere genera (geslachten). Een genus is een bepaalde groep, zoals bijvoorbeeld Trachemys. Het geslacht Trachemys omvat weer meerdere soorten, zoals Trachemys scripta. De soort Trachemys scripta heeft meerdere ondersoorten, zoals de ondersoort “elegans”. Een schildpad met een naam die uit drie woorden bestaat, duidt een ondersoort aan. Als de naamsaanduiding uit twee woorden bestaat, wordt een soort aangeduid.

De taxonomische lijst hieronder is ingedeeld naar de cladogram van Dr. Eugene S. Gaffney, dat te vinden is op zijn website “Phylogeny of Turtles”, http://research.amnh.org/users/esg/. Deze cladogram laat de onderlinge verwantschap van schildpadden zien.

Onderstaande taxonomische lijst is ook gemaakt met een aantal zaken in ogenschouw genomen. De taxonomie van schildpadden is het laatste decennium nogal drastisch veranderd. Dit wordt veroorzaakt door een aantal zaken. De moderne kennis over genetica heeft de inzichten op verwantschappen tussen soorten onderling behoorlijk veranderd. Het heeft er voor gezorgd dat vele schildpaddensoorten van genus zijn veranderd of zijn ingedeeld in een ander genus als waar  ze oorspronkelijk waren ingedeeld. Ook is de kennis op andere vlakken sterk veranderd. Tegenwoordig worden computerprogramma’s gebruikt om verschillen of overeenkomsten aan te tonen in algehele anatomie of groeiratio tussen soorten en families onderling. In het verleden zijn vele soorten vaak wegens gebrek aan inzicht of een betere oplossing ingedeeld in bepaalde geslachten, maar tegenwoordig zijn vele soorten ingedeeld in hun eigen geslacht en familie. Er zijn meerdere taxonomische lijsten, vooral op het internet. Sommige zijn erg progressief, andere zijn weer conservatief. Onderstaande lijst is gemaakt om daarin de gulden middenweg te volgen.

De onderstaande lijst bevat ook (onder)soorten die (nog) niet (meer) geaccepteerd worden. Toch staan deze (onder)soorten in de lijst met het oog op conservatie. Tot dat de daadwerkelijke status en geldigheid van deze (onder)soorten is opgehelderd, blijven deze schildpadden in de lijst staan. Met schildpaddenpopulaties die wereldwijd hard achteruit gaan en de daarmee gepaart gaande opdrogende “genenpoel”, lijkt het ons beter deze (onder)soorten voorlopig te erkennen en zo te voorkomen dat deze dieren, in iedergeval in gevangenschap, niet onnodig gepaard worden met andere (onder)soorten waardoor de genenpoel nog kleiner wordt. Als het DNA van een schildpad eenmaal vervuild is, is het heel moeilijk de vervuiling er weer uit te kweken.

Sommige (onder)soorten die in de lijst staan zijn “recent” uitgestorven. Toch staan ze in de lijst en wel omdat de meeste van deze uitgestorven (onder)soorten door menselijk toedoen zijn uitgestorven. Uitsterven is een serieuze bedreiging voor de meeste huidige schildpaddensoorten, nu meer dan ooit. Laten we dat in gedachten houden.

Sommige (onder)soorten hebben een klein nummertje achter de wetenschappelijke naam. Dit nummertje staat onderaan de lijst en omschrijft of een bepaalde soort recent een naamswijziging heeft doorgemaakt of dat er iets anders specifieks over desbetreffende soort valt te vermelden.

De genusnamen staan op alfabetische volgorde binnen de familie; elke soort is ook voorzien van een Nederlandse naam. De Nederlandse naamgeving is geen officiele vertaling, maar een voor de handliggende vertaling op basis van de Engelse naamgeving en Nederlandse naamgeving die ingeburgerd is. 

Pleurodira                                                              Halswenders

Pelomedusidae                                                        Afrikaanse halswenders

Podocnemididae                                                      Amerikaanse halswenders  

Chelidae                                                                   Slangenhalsschildpadden

Cryptodira                                                               Halsbergers
                       
Chelydridae                                                              Bijtschildpadden

Trionychidae                                                            Weekschildpadden

Kinosternidae                                                           Modderschildpadden

Emydidae                                                                  Nieuwe Wereld moerasschildpadden

Geoemydidae                                                           Oude Wereld moerasschildpadden

Platysternidae                                                          Grootkopschildpadden

Testudinidae                                                             Landschildpadden